Beschreibung:
Das Praktikum Linux und Perl für Biologen und Mediziner vermittelt Grundkenntnisse des Betriebssystems Linux und der Skript-Programmierung in Perl unter besonderer Berücksichtigung von bioinformatischen Anwendungen. Linux und Perl sind notwendige Grundlagen für alle weiter gehenden Tätigkeiten im Bereich der Bioinformatik. Die im Praktikum vermittelten Kenntnisse sind daher für viele Computer-orientierte Tätigkeiten in Industrie und Wissenschaft unverzichtbar. Das angebotene Praktikum ist insbesondere auch Voraussetzung für das weiterführende Bioinformatik-Praktikum.
Sowohl in wissenschaftlichen Forschungseinrichtungen als auch in Biotech- und Pharmafirmen gibt es ein breites Spektrum von Tätigkeiten im Bereich der angewandten Bioinformatik. Hierbei geht es weniger um die Entwicklung von neuen Computer-Programmen und die Analyse von Algorithmen, sondern mehr um die praktische Analyse und Aufarbeitung von (molekurlar-)biologischen Daten. In diesem Bereich arbeiten daher weniger Informatiker, sondern zumeist diplomierte oder promovierte Molekularbiologen und Genomforscher. Die hierfür notwendigen Computer- und Bioinformatik-Kenntnisse gehen allerdings deutlich über die Beherrschung von reiner Anwender-Software hinaus.
Angewandte Bioinformatiker sind typischerweise dafür verantwortlich, Datenbanken zu entwickeln und an die speziellen Bedürfnisse der experimentell arbeitenden Wissenschaftler anzupassen. Daneben müssen bestehende Softwarepakete installiert und getestet werden und Datenverarbeitungs-Pipelines aufgebaut werden. Dabei werden z.B. verschiedene Software-Programme automatisiert und miteinander verknüpft, so dass etwa die Ausgabe von einem Programm automatisch an ein zweites Programm weitergegeben wird.
Diese skizzierten Aufgaben werden im Allgemeinen unter dem Betriebssystem Linux bzw. Unix durchgeführt. Für die Datenbanksuche und die Automatisierung von Software-Programmen wird im Bereich der Bioinformatik häufig die Skript-Sprache Perl verwendet. Das Praktikum vemittelt Grundkenntnisse in Perl und Linux, wobei Bioinformatik-Anwendungen im Vordergrund stehen.
| Zeit: | 3-Wochenblock: 25.08.2008 - 12.09.2008, jeweils 9:00 Uhr bis 13:00 Uhr Klausur: 19.09.2008, 10:00-12:00 Uhr (MN05) |
| Nachklausur: Do 02.10., 10:00-12:00 (MN05) | |
| Ort: | Bioinformatik, Goldschmidtstr.1, MN05 |
| Anmeldung: | Torsten Crass oder Maike Tech |
| Für BSc Bio: | Sie müssen sich außerdem über FlexNow anmelden! (Modul B.Bio114.2) |
| Anmeldeschluß: | 01.09.2008 |
| Teilnehmerzahl: | max. 30 |
| Voraussetzungen: | keine |
| Scheinkriterium: | Bestehen der Klausur |
| Literatur: | James Tisdall, Einführung in Perl für Bioinformatik (O'Reilly) |
| Skripte: | Linux (PDF, 485 kB), Perl |
| Image der GöBIX-DVD: | GöBIX |
| Weiterführende Literatur: | Christian Ullenboom, Java ist auch eine Insel (Galileo Computing) |
| Peter A. Darnell, Philip E. Margolis, C: A Software Engineering Approach (Springer-Verlag) |
- SSH-Client für Windows
- Cygwin (Linux-ähnliche Umgebung für Windows)
- Festplatten-Bug im Ubuntu-Wiki
- How to get disks idleing correctly
- Dies jährige Ubuntu-Konferenz in Göttingen (17.10.-19.10.)
Linux-Teil: Aufgaben und Lösungen (pdf)
| Tag 1 | Aufgabenblatt | Lösung |
| Tag 2 | Aufgabenblatt | Lösung |
| Tag 3 | Aufgabenblatt | Lösung |
| Tag 4 | Aufgabenblatt | Lösung |
| Tag 5 | Aufgabenblatt | Lösung |